GROMOS und Gromacs

Aus historischen Gründen sind diese beiden Software-Pakete verwandt, wenn auch ihr Werdegang recht verschieden geworden ist. Das GRO im Namen kommt in beiden Fällen von der holländischen Ursprungs-Universität Groningen. GROMOS geht auf Prof. Herman J. C. Berendsen und Wilfred van Gunsteren zurück und war bereits in der Version GROMOS85 ein Ansatz und mit GROMOS87 ein Erfolg für die Simulation von biologischen Molekülen. Durch den Wechsel von Prof. van Gunsteren an die ETH entstand das Paket GROMOS96 und auch sein aktueller Nachfolger in Zürich. GROMOS ist kommerziell erhältlich und zu einem symbolischen Preis für die akademische Welt. Es ist durch seinen professionellen Einsatz in der Grundlagenforschung gut geprüft, verlangt aber sehr viele Detailkenntnisse von den Nutzern. Wir bei xirrus wissen um die Vorteile der Modelle von GROMOS96 und setzen diese bei Bedarf gerne ein. Ausserdem entwickeln wir je nach Problemstellung eigene Parametersets. Gromacs entstand in den ruhigeren Zwischenphasen der GROMOS-Nutzung und hat sich als komplette Eigenentwicklung abgespalten. Der Fokus wurde auf Open Source gesetzt und es standen immer Geschwindigkeitsoptimierungen und Methodenimplementationen im Vordergrund. Gromacs hat wie jedes andere MD-Paket auch seine Tücken. Zahlreiche Kniffs und Tricks sind nötig, um ein komplexes System zum Laufen zu bringen. Gromacs werkelt dafür anschliessend anstandslos auf nahezu allen Prozessorarchitekturen.